科学分子动力学模型的三维可视化软件

Question

我正在编写一个可视化分子动力学实验的程序。输入将是一个文件，每个时间步长都有每个原子的位置。将有~100k原子和~500次步。原子将表示为球体。原子之间的连接将用圆柱表示。

以下是该计划的一些要求（按重要性顺序）：

1. 移动，旋转和缩放以更改图像的能力
2. 能够在不同的时间段从位置制作电影
3. 使用鼠标选择原子的能力
4. 创建GUI的能力
5. 在Mac，Windows和Linux上轻松安装。

有人可以推荐一种语言，可视化库或方法来解决这个问题吗？任何其他想法也将不胜感激。

Answer 1

我建议考虑ParaView;您需要做的是以VTK格式保存所有相关数据（该库具有相应的功能），您就完成了。它具有出色的后处理功能（如着色，透明颗粒，动画），并经过充分测试。

如果这对你来说似乎不够灵活，我对c++ lib QGLViewer有一些经验（不要被.com弄糊涂，它是免费的和跨平台的）。你需要自己为粒子编写OpenGL代码，这很容易。

那就是说，我知道有几个“场景图引擎”可能对你有很大帮助，但我认为其他人会更好地评论，因为我从未使用过它们。

FYI this movie完成了Paraview（你发现更多的例子，肯定），而stuff here来自OpenGL和QGLViewer。

Answer 2

嗯，我认为球体对于100k原子来说太重叠了 - 你只会看到边缘。因此，我建议对原子和线使用“粗体”点进行连接 - 它会更快，并且可以查看更多细节。

正式地，MathGL（GPL绘图库）及其前端UDAV满足您的所有要求。但是，我不确定绘制100k球体和圆柱体是否会很快。