Question

我有一堆文件名

190307_M05898_0065_000000000-CC66F_1_11570BP0321L01_1.fastq.gz

190307_M05898_0065_000000000-CC66F_1_11570BP0321L01_2.fastq.gz

190307_M05898_0065_000000000-CC66F_1_11570BP0322L01_1.fastq.gz

190307_M05898_0065_000000000-CC66F_1_11570BP0322L01_2.fastq.gz

等等...

它们都与 _1 和 _2 配对，标志着差异。我用粗体突出了每对之间的区别。我制作了一个 .csv，其中一列包含粗体 ID 和我想用其替换整个字符串的新 ID。

使用命令行如何说“从第 1 列中找到这个特定的字符串并用第 2 列中的新 ID 替换”但也保留特定字符串之后的所有内容（即 _1.fastq.gz 或 _2.fastq.gz )

我想结束：

BK1_1.fastq.gz

BK1_2.fastq.gz

BN46_1.fastq.gz

BN46_2.fastq.gz

编辑：

如果有帮助，我还创建了一个包含完整文件名的 csv，而不仅仅是 ID

Answer 1

使用包含完整文件名的文件，您可以执行以下操作：

IFS=",";
while read fil fil1;
do 
   echo "mv -f $fil $fil1";
   # mv -f "$fil" "$fil1"
done < file

将输入字段分隔符设置为“,”（IFS），然后将文件（csv 文件）读入 while 循环，将每个 csv 读取为变量 fil 和 fil1。使用这些变量打印所需的 mv 命令。确认命令看起来如预期后，注释掉实际命令。