Question

我对 phyloseq 比较陌生，我很难获得一个相对丰度的 otu-table 可以输入到 siamcat R code for meta-analysis。

# this works: from qza to phyloseq object
ps<-qza_to_phyloseq(
  features="all-table.qza",
  tree="rooted-tree.qza",
  taxonomy = "all-taxonomy.qza",
  metadata = "metafinal.tsv"
)

# import metadata
metadata <- read_tsv("metafinal.tsv")

# 30 overlap of the metadata-sample_id with ps, 115 only in metadata
gplots::venn(list(metadata=metadata$sample_id, features=sample_names(ps))

# works: from phyloseq object to relative abundance otu table
table(tax_table(ps)[, "Phylum"])
ps_rel_abund <- transform_sample_counts(ps, function(x){x / sum(x)})
ps_phylum_rel <- tax_glom(ps_rel_abund, "Phylum")
taxa_names(ps_phylum_rel) <- tax_table(ps_phylum_rel)[, "Phylum"]
rel_table <- as(otu_table(ps_phylum_rel), "matrix")

# column names and sample_id are 100% the same
colnames(rel_table)
metadata$sample_id

# 100% overlap:
gplots::venn(list(metadata=metadata$sample_id, featuretable=colnames(rel_table)))

# check that metadata and feature agree
stopifnot(all(colnames(rel_table) == metadata$sample_id))

在这里我收到一条错误消息： all(colnames(rel_table) == metadata$sample_id) is not TRUE 并且以下 siamcat code 根本不起作用。

我的metadata[1:5, 1:5]： sample_id absolute_filepath 研究experiment_acce... study_title

1 SRR8547628 $PWD/Chen_2020_da... Chen... SRX5349649 C 的解剖 2 SRR8547629 $PWD/Chen_2020_da... Chen... SRX5349648 C 的解剖 3 SRR8547630 $PWD/Chen_2020_da... Chen... SRX5349647 C 的解剖 4 SRR8547631 $PWD/Chen_2020_da… Chen… SRX5349646 解剖c… 5 SRR8547632 $PWD/Chen_2020_da... Chen... SRX5349645 解剖 c...

我的rel-table[1:5, 1:5]： SRR5092146 SRR5092147 SRR5092148 SRR5092149 Phragmoplatophyta 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 脊椎动物 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 顶端复合体 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 子囊菌 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 弯曲杆菌 0 0.2465222 0.01166882 0.004337051 SRR5092150 Phragmoplastophyta 0.00000000 脊椎动物 0.00000000 顶端复合体 0.00000000 子囊菌 0.00000000 弯曲杆菌 0.02106281

nrow(metadata)= 154 ncol(rel_table)= 154

请问，为什么它不起作用？我已经尝试了数周，但无法使代码正常运行...

感谢您的时间和帮助。

Answer 1

如果我正确理解您的问题，您想知道为什么元数据和特征表中的样本 ID 之间有完美的重叠，但为什么

stopifnot(all(colnames(rel_table) == metadata$sample_id))

返回 FALSE。

我认为这是因为您的样品顺序似乎不同。元数据中的前五个示例是：

SRR8547628
SRR8547629
SRR8547630
SRR8547631
SRR8547632

特征表中的前五个样本是：

SRR5092146
SRR5092147
SRR5092148
SRR5092149
SRR5092150

试试

stopifnot(all(colnames(rel_table) %in% metadata$sample_id))

Phyloseq：相对丰度 otu 表和元数据不匹配

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