在R中归一化系统发育树

Question

当使用R中的系统发育树数据时（特别是在处理“phylo”或“phylo4”对象时），将分支长度标准化以使某些分类群（进化得更快）不会产生不成比例的数量将是有用的。分支长度到树上。这似乎在计算UniFrac值时很常见，可以在这里的讨论中找到：http://bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp。 （但我需要的不仅仅是UniFrac值。）

但是，我找不到执行此规范化步骤的函数。我看过猿，picante，adephylo和phylobase。有人可以指导我一个包含这个功能的包，或者一个使这种功能写得简单的包吗？

Answer 1

您是否正在寻找仅扩展树的分支长度的函数？如果是这样，猿compute.brlen()就会这样做。 Grafen的rho和all = 1都有内置选项。您也可以提供自己的功能。

我不知道UniFrac是否会进行其他类型的分支长度缩放。但如果是这样，你可以编写你的函数并传递它。