Question

请有人帮我解决将excel 2007（.xlsx）文件导入R的最佳方法。我尝试了几种方法，但似乎都没有。我已升级到2.13.1，Windows XP，xlsx 0.3.0，我不知道为什么错误不断出现。我试过了：

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx","DNA_Tag_Numbers")

OR

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx",1)

但是我收到了错误：

 Error in .jnew("java/io/FileInputStream", file) : 
  java.io.FileNotFoundException: C:\AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx (The system cannot find the file specified)

谢谢。

Answer 1

对于没有繁琐的外部依赖*的解决方案，现在有readxl：

readxl包使得从Excel和R中获取数据变得容易。   与许多现有软件包相比（例如gdata，xlsx，   xlsReadWrite）readxl没有外部依赖关系，因此很容易   在所有操作系统上安装和使用。它旨在与之合作   表格数据存储在一张表格中。

Readxl支持传统的.xls格式和基于xml的现代格式   .xlsx格式。使用libxls C库可以实现.xls支持，   它抽象出了底层二进制文件的许多复杂性   格式。要解析.xlsx，我们使用RapidXML C ++库。

可以这样安装：

install.packages("readxl") # CRAN version

或

devtools::install_github("hadley/readxl") # development version

用法

library(readxl)

# read_excel reads both xls and xlsx files
read_excel("my-old-spreadsheet.xls")
read_excel("my-new-spreadsheet.xlsx")

# Specify sheet with a number or name
read_excel("my-spreadsheet.xls", sheet = "data")
read_excel("my-spreadsheet.xls", sheet = 2)

# If NAs are represented by something other than blank cells,
# set the na argument
read_excel("my-spreadsheet.xls", na = "NA")

*不是严格正确，它需要Rcpp package，而rexcel又需要Rtools（对于Windows）或Xcode（对于OSX），这是R之外的依赖。但是他们不需要任何摆弄与路径等，因此这是一个优于Java和Perl依赖的优势。

更新现在有{{3}}个包。这有望从Excel文件到R。

获取Excel格式，函数和许多其他类型的信息

Answer 2

您可能还想尝试XLConnect包。我的运气比xlsx好（加上它也可以读取.xls文件）。

library(XLConnect)
theData <- readWorksheet(loadWorkbook("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx"),sheet=1)

另外，如果您在找不到文件时遇到问题，请尝试使用file.choose（）选择它。

Answer 3

我肯定会在read.xls包中尝试gdata函数，该函数比xlsx包更加成熟。它可能需要Perl ......

Answer 4

更新

由于下面的答案现在有些过时，我只想提请注意 readxl 包。如果Excel工作表格式良好/已经完成，那么我现在将使用 readxl 从工作簿中读取。如果工作表格式不正确/已放置，那么我仍然会导出为CSV，然后通过read.csv()或普通的readLines()处理R中的问题。

原始

我首选的方法是将单个Excel工作表保存为逗号分隔值（CSV）文件。在Windows上，这些文件与Excel关联，因此您不会松开双击 - 打开Excel“功能”。

可以使用read.csv()将CSV文件读入R，或者，如果您在某个位置或使用设置了某些欧洲设置的计算机（其中,用作小数位），使用read.csv2()。

这些函数具有合理的默认值，可以简单地读取格式正确的文件。只需在第一行或第一列中保留样本或变量的任何标签。

添加以CSV格式存储文件的好处是，由于文件是纯文本，因此可以非常轻松地传递它们，并且您可以确信它们将在任何地方打开;一个人不需要Excel来查看或编辑数据。

Answer 5

2012年示例：

library("xlsx")
FirstTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 1 , stringsAsFactors=F)
SecondTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 2 , stringsAsFactors=F)

我会尝试'xlsx'包，因为它很容易处理并且看起来足够成熟
对我来说很好，并且不需要像Perl或其他任何

2015年示例：

library("readxl")
FirstTable  <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 1)
SecondTable <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 2)

现在我使用readxl并且已经有了很好的使用经验。
不需要额外的东西
表现良好

Answer 6

这个新包看起来不错http://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/openxlsx.pdf 它不需要rJava并且使用'Rcpp'来提高速度。

Answer 7

如果你遇到同样的问题并且R给你一个错误 - 找不到函数“.jnew” - 只需安装库rJava。或者，如果你已经拥有它，只需运行行库（rJava）。这应该是问题。

此外，每个人都应该清楚csv和txt文件更容易使用，但生活并不容易，有时你只需要打开一个xlsx。

Answer 8

我最近发现Schaun Wheeler的功能是在认识到xlxs软件包没有针对R 3.1.0进行更新后将excel文件导入到R中。

https://gist.github.com/schaunwheeler/5825002

文件名需要有＆＃34; .xlsx＆＃34;扩展名，并且在运行该功能时文件无法打开。

此功能对于访问其他人的工作非常有用。使用read.csv函数的主要优点是

导入多个Excel文件
导入大文件
定期更新的文件

使用read.csv函数需要手动打开和保存每个Excel文档，这非常耗时且非常无聊。因此，使用Schaun的功能来自动化工作流程是一个巨大的帮助。

对于这个解决方案，Schaun有很大的道具。

Answer 9

对我来说，openxlx包以最简单的方式工作。

install.packages("openxlsx")
library(openxlsx)
rawData<-read.xlsx("your.xlsx");

Answer 10

你的操作系统是什么？您运行的是哪个版本的R：32位还是64位？你安装了什么版本的Java？

当我第一次开始使用read.xlsx()函数时发现了类似的错误并发现了我的问题（可能与您的问题有关，也可能没有;至少应该将此回复视为“试试这个， “。”与.xlsx pacakge与64位Java的不兼容性有关。我很确定.xlsx包需要32位Java。

使用32位R并确保安装了32位Java。这可能会解决您的问题。

Answer 11

您已检查过R实际上是否能够找到该文件，例如file.exists（“C：/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx”）？ - Ben Bolker 2011年8月14日23:05

以上评论应该可以解决您的问题：

require("xlsx")
read.xlsx("filepath/filename.xlsx",1)

之后应该可以正常工作。

Answer 12

如果导出到OpenDocument电子表格文件（ ods ）或较旧的Excel格式并使用ODS reader或其导入，则可以保留多个选项卡和更多格式信息您在上面提到的Excel阅读器。

Answer 13

正如许多人在这里所说的那样，我写的是同样的事情，但还有一点意思！

首先，我们需要确保我们的R Studio安装了这两个软件包：

＆＃34; readxl＆＃34;
＆＃34; XLConnect＆＃34;

要在R中加载包，您可以使用以下功能：

install.packages("readxl/XLConnect")
library(XLConnect)
search()

搜索将显示R Studio中可用的当前包列表。

现在是另一个问题，即使你可能有这两个包，但是在阅读时仍然会遇到问题＆＃34; xlsx＆＃34;文件和错误可能像＆＃34;错误：列名多于列名＆＃34;

要解决此问题，您只需重新保存您的Excel工作表＆＃34; xlsx＆＃34;在

＆＃34; CSV（以逗号分隔）＆＃34;

你的生活将非常轻松....

玩得开心!!

Answer 14

我在上面的所有答案上都非常努力。然而，他们实际上没有帮助，因为我使用了mac。 rio库具有此导入功能，基本上可以将任何类型的数据文件导入Rstudio ，甚至是那些使用英语以外语言的文件！

请尝试以下代码：

    library(rio)
    AB <- import("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx")
    AB <- AB[,1]

希望这有帮助。有关更详细的参考：https://cran.r-project.org/web/packages/rio/vignettes/rio.html

将Excel文件导入R，xlsx或xls

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