我想使用python将打印重定向到.txt文件。我有一个'for'循环，它会'打印'我的每个.bam文件的输出，而我想将所有这些输出重定向到一个文件。所以我试着把
f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f
在我的脚本开头。但是我在.txt文件中什么都没得到。 我的剧本是：
#!/usr/bin/python
import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path
f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f
path= '/home/xug/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')
for bamfile in bamfiles:
filename = bamfile.split('/')[-1]
print 'Filename:', filename
samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
print 'Readlines finished!'
........print....
........print....
那么问题是什么？除了这个sys.stdout以外的任何其他方式吗？
我需要我的结果：
Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)
答案 0 :(得分：189)
最明显的方法是打印到文件对象：
with open('out.txt', 'w') as f:
print >> f, 'Filename:', filename # Python 2.x
print('Filename:', filename, file=f) # Python 3.x
然而，重定向stdout对我也有用。这对于像这样的一次性脚本来说可能很好：
import sys
orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f
for i in range(2):
print 'i = ', i
sys.stdout = orig_stdout
f.close()
从shell本身重定向外部是另一个不错的选择：
./script.py > out.txt
其他问题：
脚本中的第一个文件名是什么？我没有看到它初始化。
我的第一个猜测是glob没有找到任何bamfiles，因此for循环不会运行。检查文件夹是否存在，并在脚本中打印出bamfiles。
另外，使用os.path.join and os.path.basename来操作路径和文件名。
答案 1 :(得分：59)
您可以使用>>运算符重定向打印。
f = open(filename,'w')
print >>f, 'whatever' # Python 2.x
print('whatever', file=f) # Python 3.x
在大多数情况下，你最好只是正常写文件。
f.write('whatever')
或者，如果你想要用多个空格编写几个项目，比如print：
f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))
答案 2 :(得分：27)
这非常有效：
import sys
sys.stdout=open("test.txt","w")
print ("hello")
sys.stdout.close()
现在hello将被写入test.txt文件。请务必使用stdout关闭close，如果没有，则内容不会保存在文件中
答案 3 :(得分：27)
print(*objects, sep=' ', end='\n', file=sys.stdout, flush=False)文件参数必须是具有
write(string)方法的对象;如果不存在或None，则会使用sys.stdout。由于打印的参数将转换为文本字符串，因此print()不能与二进制模式文件对象一起使用。对于这些，请改用file.write(...)。
由于file object通常包含write()方法，因此您需要做的就是将file object传递给其参数。
with open('file.txt', 'w') as f:
print('hello world', file=f)
with open('file.txt', 'a') as f:
print('hello world', file=f)
答案 4 :(得分：14)
print，请使用logging 您可以将sys.stdout更改为指向文件，但这是一种非常笨重且不灵活的方法来处理此问题。不使用print，而是使用logging模块。
使用logging，您可以像stdout一样打印，也可以将输出写入文件。您甚至可以使用不同的消息级别（critical，error，warning，info，debug），例如，仅将主要问题打印到控制台，但仍将次要代码操作记录到文件中。
导入logging，获取logger，然后设置处理级别：
import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed
如果要打印到stdout：
ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)
如果你还想写一个文件（如果你只想写一个文件，请跳过上一节）：
fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)
然后，无论您在何处使用print，都可以使用logger方法之一：
# print(foo)
logger.debug(foo)
# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')
# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')
# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')
要详细了解如何使用更高级的logging功能，请阅读优秀的logging tutorial in the Python docs。
答案 5 :(得分：13)
最简单的解决方案不是通过python;它通过壳。从文件的第一行（#!/usr/bin/python）我猜你是在UNIX系统上。只需像往常一样使用print语句，并且不要在脚本中完全打开文件。当你去运行文件时，而不是
./script.py
运行该文件，使用
./script.py > <filename>
将<filename>替换为您希望输出进入的文件的名称。 >令牌告诉（大多数）shell将stdout设置为由以下标记描述的文件。
这里需要提到的一件重要事情是，“script.py”需要在./script.py运行时可执行。
所以在运行./script.py之前，执行此命令
chmod a+x script.py
（使脚本可执行所有用户）
答案 6 :(得分：4)
你可能不喜欢这个答案，但我认为这是正确的答案。除非绝对必要，否则不要更改你的stdout目的地（也许你正在使用只输出到stdout的库？显然不是这里的情况）。
我认为，作为一个好习惯，您应该提前准备数据作为字符串，然后打开文件并立即编写整个文件。这是因为输入/输出操作是打开文件句柄的时间越长，此文件发生错误的可能性就越大（文件锁定错误，i / o错误等）。只需在一次操作中完成所有操作就可以确定何时出错。
以下是一个例子：
out_lines = []
for bamfile in bamfiles:
filename = bamfile.split('/')[-1]
out_lines.append('Filename: %s' % filename)
samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
print 'Readlines finished!'
out_lines.extend(linelist)
out_lines.append('\n')
然后当你完成收集每个列表项一行的“数据行”时，你可以用一些'\n'字符加入它们，以使整个事物可输出;甚至可以将输出语句包装在with块中，以增加安全性（即使出现问题也会自动关闭输出句柄）：
out_string = '\n'.join(out_lines)
out_filename = 'myfile.txt'
with open(out_filename, 'w') as outf:
outf.write(out_string)
print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"
但是，如果您要编写大量数据，可以一次编写一个数据。我不认为它与您的应用程序有关，但这里是替代方案：
out_filename = 'myfile.txt'
outf = open(out_filename, 'w')
for bamfile in bamfiles:
filename = bamfile.split('/')[-1]
outf.write('Filename: %s' % filename)
samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
mydata = samtoolsin.stdout.read()
outf.write(mydata)
outf.close()
答案 7 :(得分：2)
如果你使用linux我建议你使用tee命令，实现就像这个python python_file.py |tee any_file_name.txt
如果您不想更改代码中的任何内容，我认为这可能是最好的解决方案，您也可以实现记录器，但是您需要对代码进行一些更改。
答案 8 :(得分：0)
更改sys.stdout的值会更改所有要打印的调用的目标。如果您使用另一种方法来更改打印目的地，您将得到相同的结果。
你的错误在其他地方：
答案 9 :(得分：0)
如果重定向stdout可以解决您的问题，那么Gringo Suave's answer就是一个很好的演示方法。
为了使其更容易使用，我使用with语句使用contextmanagers进行了简化的广义调用语法的版本：
from contextlib import contextmanager
import sys
@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
orig_stdout = sys.stdout
try:
sys.stdout = outstream
yield
finally:
sys.stdout = orig_stdout
要使用它，只需执行以下操作（摘自Suave的示例）：
with open('out.txt', 'w') as outfile:
with redirected_stdout(outfile):
for i in range(2):
print('i =', i)
当模块以您不喜欢的方式使用print时有选择地重定向它很有用。唯一的缺点（这在很多情况下都是大问题），如果想要多个具有不同stdout值的线程是行不通的，但这需要一种更好，更通用的方法：间接模块访问。您可以在此问题的其他答案中看到该实现。
答案 10 :(得分：0)
在python 3中，您可以重新分配print：
#!/usr/bin/python3
def other_fn():
#This will use the print function that's active when the function is called
print("Printing from function")
file_name = "test.txt"
with open(file_name, "w+") as f_out:
py_print = print #Need to use this to restore builtin print later, and to not induce recursion
print = lambda out_str : py_print(out_str, file=f_out)
#If you'd like, for completeness, you can include args+kwargs
print = lambda *args, **kwargs : py_print(*args, file=f_out, **kwargs)
print("Writing to %s" %(file_name))
other_fn() #Writes to file
#Must restore builtin print, or you'll get 'I/O operation on closed file'
#If you attempt to print after this block
print = py_print
print("Printing to stdout")
other_fn() #Writes to console/stdout
请注意，other_fn中的 print 仅切换输出，因为 print 是在全局范围内重新分配的。如果我们在函数中分配 print ，则other_fn中的 print 通常不会受到影响。如果我们想影响所有 print 调用，我们可以使用 global 关键字：
import builtins
def other_fn():
#This will use the print function that's active when the function is called
print("Printing from function")
def main():
global print #Without this, other_fn will use builtins.print
file_name = "test.txt"
with open(file_name, "w+") as f_out:
print = lambda *args, **kwargs : builtins.print(*args, file=f_out, **kwargs)
print("Writing to %s" %(file_name))
other_fn() #Writes to file
#Must restore builtin print, or you'll get 'I/O operation on closed file'
#If you attempt to print after this block
print = builtins.print
print("Printing to stdout")
other_fn() #Writes to console/stdout
我个人更希望通过将输出文件描述符烘焙到新函数中来回避使用print函数的要求：
file_name = "myoutput.txt"
with open(file_name, "w+") as outfile:
fprint = lambda pstring : print(pstring, file=outfile)
print("Writing to stdout")
fprint("Writing to %s" % (file_name))
答案 11 :(得分：-1)
扩展循环打印功能的东西
x = 0
while x <=5:
x = x + 1
with open('outputEis.txt', 'a') as f:
print(x, file=f)
f.close()