Question

您好我最喜欢的编码专家，

我试图在R中一次循环两个文件：即取一个'case'文件和另一个'control'文件，创建一个图并将其转储成pdf，然后再取另一组2个文件做相同等等。我有一个列表，指出哪个文件是一个案例，哪个是控件，如下所示：

case   control
A01    G01
A02    G02
A06    G03

等......可以像这样再现： mylist＆lt; - data.frame（rbind（c（“A01”，“G01”），c（“A02”，“G02”），c（“A06”，“G03”））） colnames（mylist）＆lt; - c（'control'，'case'）

我找不到一种方法来指定每次循环哪两个文件。该文件（每个文件包含许多变量）是：“/ Users / francy / Desktop / cc_files_A01”，“”/ Users / francy / Desktop / cc_files_A02“，”/ Users / francy / Desktop / cc_files_A06“，”/ Users / francy / Desktop / cc_files_G01“，”/ Users / francy / Desktop / cc_files_G02“，”/ Users / francy / Desktop / cc_files_G03“

对于每组案例和控制，我想这样做：

case<- read.table(file="/Users/francy/Desktop/case_files_A01.txt", sep = '\t', header = F)
case <- case[,c(1,2,19,20)]
colnames(case)<- c("ID", "fname", "lname", "Position")

control<- read.table(file="/Users/francy/Desktop/case_files_G01.txt", sep = '\t', header = F)
control <- control[,c(1,2,19,20)]
colnames(control)<-  c("ID", "fname", "lname", "Position")

#t-test Position: 
test<- t.test(case[20],control[20])
p.value= round(test$p.value, digits=3)
mean_case= round(mean(case[20], na.rm=T), digits=2)
mean_control= round(mean(control[20], na.rm=T), digits=2)

boxplot(c(case[20], control[20]), names=c(paste("case", "mean", mean_case,     sep=":"),paste("control", "mean", mean_control, sep=":")))

想要创建包含所有箱图的pdf文件。

这就是我现在所拥有的：

myFiles <- list.files(path= "/mypath/", pattern=".txt")
pdf('/home/graph.pdf')
for (x in myFiles) {
  control <- read.table(file = myFiles[x], sep = '\t', header = F)
  ## How do I specify that is the other file here, and which file it is? 
  case <- read.table(file = myFiles[x], sep = '\t', header = F)
}

非常感谢任何帮助。谢谢！

Answer 1

为什么不通过列表将文件对传递给循环？

files <- list(
  c("fileA","fileB"),
  c("fileC","fileD")
  )

for( f in files ) {
  cat("~~~~~~~~\n")
  cat("f[1] is",f[1],"~ f[2] is",f[2],"\n")
}

第一次循环运行时，f包含列表files的第一个元素。由于第一个元素是长度为2的字符向量，f[1]包含该对的第一个文件名，f[2]包含第二个。请参阅上述代码的打印输出，希望能够清楚说明。

Answer 2

假设您的案例和控件列表位于名为mylist的R对象（数据框或矩阵）中：

for (x in seq_along(nrow(mylist)) {
  case <- read.table(file = paste("/my/path/", mylist[x, "case"], ".txt", sep = ""),
                       sep = "\t", header = F)
  control <- read.table(file = paste("/my/path/", mylist[x, "control"], ".txt", sep = ""),
                       sep = "\t", header = F)
    ## your code here ##
}

Answer 3

在这种情况下，更有意义的是，从案例和控件的“列表”（data.frame？）中构建两个文件名。

如果data.frame lcc中存在此“列表”，您可以执行以下操作：

for(i in seq(nrow(lcc)))
{
  currentcase<-lcc$case[i]
  currentcontrol<-lcc$control[i]
  currentcasefilename<-paste("someprefix_", currentcase, "_somepostfix.txt")
  currentcontrolfilename<-paste("someprefix_", currentcontrol, "_somepostfix.txt")
  #now open and process both files...
}

使用R，一次循环两个文件

3 个答案: