Question

我正在尝试从bash脚本运行批处理脚本（保存在文件中的R命令集）。出于某种原因，当我在命令行上手动键入时，运行R脚本的bash脚本中的语句会起作用，但是当在批处理脚本中执行该语句时，它将失败并显示错误：

munge_data.sh：第17行： - file = stats.R：找不到命令

以下是bash脚本的片段：

#!/bin/bash
SCRIPTDIR=/path/to/some/directory
RBIN=`which R`

cd $SCRIPTDIR

$RBIN --file=stats.R > my.stats.output.txt # <- this is line 17 in my script

有人能发现造成这个问题的原因吗？

Answer 1

显然，which R没有返回任何内容，可能是因为R不在您的PATH中，因此$RBIN为空，并且shell尝试运行不存在的命令--file=stats.R。

（如果R应该在PATH中，你可以在不使用变量的情况下调用它R。）

Answer 2

你没有在Bash中使用正确的R调用函数。

在命令行中按照以下命令格式运行R（R CMD BATCH文件output.file）

#!/bin/bash

R CMD BATCH your_file.R my.stats.output.txt

将获得您想要的99％（确保您拥有此bash文件的执行权限）

你没有把它弄好的原因是因为当执行which R时，控件从bash文件传输到R程序，然后bash脚本暂停执行。

Answer 3

没人提到Rscript（附R）或littler早于它：

#!/usr/bin/Rscript

z <- rnorm(5)
# ... other R commands ...

或

#!/usr/bin/r  

z <- rnorm(5)
# ... other R commands ...

您可以在执行常规chmod 755 filename后直接运行这两项内容。

在bash脚本中运行R批处理脚本

3 个答案: