错误：文件错误（con，“r”）：无法打开连接

Question

我正在尝试使用R中的bio3d包运行dssp函数。但是我收到了错误。

library("bio3d")
pdb <- read.pdb("1CRN")
x <- dssp(pdb, exepath="C:/dssp/dssp.exe")

Error in file(con, "r") : cannot open the connection

请提出任何建议。

Answer 1

要解决此问题，您需要修复dssp函数参数：

修复（DSSP）

重写以下行：

系统（粘贴（exepath，“dssp -c ”，infile，“”，outfile，sep =“”），ignore.stderr = TRUE）

“ - i”取代“ - c”和“-o”intead “”

CHEARS