Question

虽然我经历了一些教程，但是我对R很新，并且有索引问题。例如在下面的例子中，我有一个具有相应重要p值的probenames列表，如下所示

      unique.et.                                            pBH
1     AFFX-r2-P1-cre-5_at                                   1.646105e-14
2     AFFX-r2-P1-cre-3_at                                   1.752547e-14
3     AFFX-r2-Ec-bioD-5_at                                  2.426254e-14
127            267584_at                                    1.820809e-14
149            267562_at                                    1.646105e-14
200            267511_at                                    1.880226e-14

以下是我必须从中提取具有显着p值的探针的原始矩阵，这样我才能获得信号强度值。

AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304 12.16271
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271

因此，如果我认为探针命名为AFFX-r2-P1-cre-5_at，p值为1.646105e-14，我需要从其他探针列表中提取相同的探针以及强度值。我试过了但是做不到。

我还想问你们所有的教程是否有明确的例子，以便我能理解这个概念。

Answer 1

#data.frame with significant cases
df1 <- read.table(text="      unique.et.                                            pBH
1     AFFX-r2-P1-cre-5_at                                   1.646105e-14
2     AFFX-r2-P1-cre-3_at                                   1.752547e-14
3     AFFX-r2-Ec-bioD-5_at                                  2.426254e-14
127            267584_at                                    1.820809e-14
149            267562_at                                    1.646105e-14
200            267511_at                                    1.880226e-14",header=T,stringsAsFactors=FALSE)

#all data
df2 <- read.table(text="AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304 12.16271
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271",header=F,stringsAsFactors=FALSE)

#select cases of df2 that occur in df1
df2[df2$V1 %in% df1$unique.et,]
#                   V1       V2       V3       V4       V5       V6
#2 AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
#3 AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271

在R中为affymetrix数据建立索引

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