Question

我正在使用具有两个亚组的人群的生存包。我需要每组5年的KM存活率。我得到了这个值：

summary(survfit(Surv(survtime, vital)~subgroup)), time = 60) #in months

然而，我还想对两个五年生存率进行chisq测试。有没有一种简单的方法可以使用生存包运行此测试？

感谢您的任何建议和帮助！

Answer 1

不确定这是否是正确的方法（买家要注意），但这是一个使用aml数据集作为示例数据包含survival包的示例。

library(survival)
amlsurv <- with(aml,survfit(Surv(time,status) ~ x))
summary(amlsurv ,time=20)

导致time=20：

的结果

Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x)

                x=Maintained 
        time       n.risk      n.event
      20.000        7.000        3.000 ...

                x=Nonmaintained 
        time       n.risk      n.event
      20.000        6.000        5.000 ...

这两个选项都无法使用survdiff功能：

survdiff(summary(aml,time=20))
survdiff(aml,time=20)

现在尝试手动限制为20天：

aml$status.20 <- aml$status
# set 'deaths' with a time greater than 20 to be 'survivors'
aml$status.20[aml$status == 1 & aml$time > 20] <- 0
amlsurv <- (Surv(aml$time,aml$status.20) ~ aml$x)
summary(survfit(amlsurv))
# results are the same as above, Maintained=3 events,Nonmaintained=5 events

现在，您可以获得比较两组的20天限制结果：

survdiff(amlsurv)
Call:
survdiff(formula = amlsurv)

                     N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
aml$x=Maintained    11        3      4.3     0.392     0.874
aml$x=Nonmaintained 12        5      3.7     0.455     0.874

 Chisq= 0.9  on 1 degrees of freedom, p= 0.35

Answer 2

您可以轻松使用survdiff()：

s.fit <- survfit(Surv(survtime, vital)~subgroup)
survdiff(s.fit)

5年生存率卡方检验

2 个答案: