在bash脚本中运行R脚本

Question

我在folder1的子文件夹中有2个R脚本，并运行以下脚本。 ＆＃34;没有这样的文件或目录＆＃34; R脚本的错误被撤回。有谁知道如何解决这个问题？感谢

Bash脚本：

#! /usr/bin/env Rscript
for dir in folder1/* ; do
Rscript script1.R
Rscript script2.R
done

Answer 1

你#!指定R，而不是bash。而你的循环是错误的。

也许试试这个：

#!/bin/bash Rscript
for dir in folder1/script*.R ; do
    echo "Now running $dir"
    Rscript folder1/$dir
done

Answer 2

script1.R的子目录中是否有script2.R和folder1？如果是这样，试试这个：

#! /bin/bash
for dir in folder1/* ; do
    Rscript "$dir"/script1.R
    Rscript "$dir"/script2.R
done

在folder1中运行所有R脚本的另一种方法是使用find：

find folder1 -type f -name "*.R" -exec Rscript {} \;

Answer 3

您从未更改目录，因此您应该在执行脚本之前切换到新的子文件夹，或者使用完整路径执行它们。

因此，尝试替换

Rscript script1.R
Rscript script2.R

通过

cd folder1/$dir; Rscript script1.R; cd -
cd folder1/$dir; Rscript script2.R; cd -

或

Rscript folder1/$dir/script1.R
Rscript folder1/$dir/script2.R

另外，你的shebang错了，应该是

#!/bin/bash

如果您希望脚本是shell脚本，请使用

或类似的东西。现在它作为R脚本执行。