比较

Question

我是Python的新手，我正在寻找一个简单的单链接聚类python算法的例子，它基于创建一个邻近矩阵并从中删除节点。我知道有像numpy这样的包，但我宁愿避开它们我在网上搜索过，但是找不到足够简单易懂的代码，以便之后自己复制。

从具有级别L（0）= 0和序列号m = 0的不相交聚类开始。

在当前聚类中找到最相似的聚类对，比如对（r），（s），根据d [（r），（s）] = min d [（i），（j）]其中最小值是当前聚类中的所有簇对。

增加序列号：m = m + 1.将簇（r）和（s）合并到一个簇中以形成下一个簇m。将此聚类的级别设置为L（m）= d [（r），（s）]

通过删除与簇（r）和（s）对应的行和列并添加与新形成的簇相对应的行和列来更新邻近矩阵D.新簇（表示为（r，s）和旧簇（k））之间的接近度定义为d [（k），（r，s）] = min d [（k），（r）]，d [（ K），（S）]。

如果所有对象都在一个群集中，请停止。否则，请转到第2步。

这些是维基百科中描述的步骤。我创建了距离矩阵，但不确定如何从那里开始。

这是我到目前为止所做的：

比较

def comparison(protein1, protein2): 

  l = [i for i in range(len(protein1)) if protein1[i] != protein2[i]] 

  return len(l)

创建矩阵

def matrix (r1,r2):

  r = [] 
  for p1 in proteins: 
    r2 = [] 
    for p2 in proteins: 
      r2 += [comparison(p1, p2)] 
    r += [r2] 
  return r

这些是我想要比较的序列：

seqlist = {＆＃34; Human＆＃34;：＆＃34; MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHG＆＃34;，＆＃34; Chimpanzee＆＃34;：＆＃34; MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHG＆＃34;，＆＃34; Western tarsier＆＃34; ;：＆＃34; MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGXNLHG＆＃34;，＆＃34;鼠标＆＃34;：＆＃34; MGDAEAGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLWG＆＃34;，＆＃34; Rabbit＆＃34;：＆＃34; MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHG＆＃34;，＆＃34; ;狗＆＃34;：＆＃34; MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHG＆＃34;，＆＃34;猪＆＃34;：＆＃34; MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHG＆＃34;，＆＃34;鳄龟＆＃34;：＆＃34; MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLNG＆＃34 ;，＆＃34; Alligator＆＃34;：＆＃34; MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHG＆＃34;，＆＃34; Honeybee＆＃34;：＆＃34; AGDPEKGKKIFVQKCAQCHTIESGGKHKVGPNLYG＆＃34;，}

Answer 1

你应该看一下scipy包，它实现了几个层次聚类算法（参见scipy.cluster.hierarchy）。在scipy.spatial模块中查找函数pdist。

你应该可以从那里获得很多很好的用法示例。

请参阅http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/cluster.hierarchy.html

Python：单链接聚类算法

比较

创建矩阵

1 个答案: