问题

我正在尝试在R中设置环境变量以便通过代理进行连接，但我所做的一切似乎都没有用。（编辑：我已经完成了我在其他类似帖子中建议的所有内容，通常是通过以某种方式设置http_proxy或变体）

这是我的sessionInfo()

> sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.1.0

我试过了：

在.Renviron和.Rprofile中设置'http_proxy'（包括所有大写和https变体）
在终端中设置代理变量。
通过Sys.setenv(http_proxy="SERVER:PORT")
以上所有RStudio和命令行R

然而，该变量未设置： 编辑：Martin Morgan指出我需要在getenv电话中引用。变量已设置。

> Sys.getenv(http_proxy)
[1] ""
> Sys.setenv(http_proxy="SERVER:PORT")
> Sys.getenv(http_proxy)
[1] ""

但是，它似乎能够连接到代理，但无论我做什么，我都会得到以下的一些变体：

> options(internet.info=0)
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
  cannot open the connection
In addition: Warning messages:
1: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  connected to 'SERVER' on port PORT.
2: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  -> (Proxy) GET http://bioconductor.org/biocLite.R HTTP/1.0
Host: bioconductor.org
Pragma: no-cache
User-Agent: R (3.0.3 x86_64-apple-darwin13.1.0 x86_64 darwin13.1.0)

3: In file(filename, "r", encoding = encoding) : <- HTTP/1.1 404 Not Found
4: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  <- Content-Type: text/html
5: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  <- Date: Wed, 14 May 2014 18:10:32 GMT
6: In file(filename, "r", encoding = encoding) : <- Connection: close
7: In file(filename, "r", encoding = encoding) : <- Server: mwg-ui
8: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  Code 404, content-type 'text/html'
9: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  cannot open: HTTP status was '404 Not Found'

您会注意到，在上面列出的情况下，我收到404错误;但是，我可以（并且确实）在浏览器中访问该文件。我也尝试过运行它：

> source("~/Downloads/biocLite.R")
Warning: unable to access index for repository http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib
'biocLite.R' failed to install 'BiocInstaller', use
  'install.packages("BiocInstaller",
  repos="http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc")'
Warning message:
package ‘BiocInstaller’ is not available (for R version 3.1.0) 
> install.packages("BiocInstaller",
+   repos="http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc")
Warning: unable to access index for repository http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib
Warning message:
package ‘BiocInstaller’ is not available (for R version 3.1.0)

更新：尝试从命令行通过http://bioconductor.org/biocLite.R和wget下载curl。工作得很好。

更新：我根据不同来源的建议尝试了一些事情。

在.Renviron文件中的值周围加上单引号，即`http_proxy ='SERVER：PORT'。这改变了一些事情，但仍然没有成功。另外，我发现网址引号需要加倍。

源（ 'http://bioconductor.org/biocLite.R'）文件错误（文件名，“r”，编码=编码）：无法打开连接源（ “http://bioconductor.org/biocLite.R”）警告：无法访问存储库http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib的索引 'biocLite.R'未能安装'BiocInstaller'，请使用 “install.packages（ “BiocInstaller”，回购= “http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc”）” 警告信息：包'BiocInstaller'不可用（对于R版本3.1.0）
使用空的.Renviron文件和新终端，运行R --vanilla并安装。这是为了确保需要设置代理。确实如此。

源（ 'http://bioconductor.org/biocLite.R'）文件错误（文件名，“r”，编码=编码）：无法打开连接另外：警告信息：在文件中（文件名，“r”，编码=编码）：无法连接到端口PORT上的'bioconductor.org'。
在Sys.getenv电话周围使用引号：[有效，但无法解决问题]

Sys.getenv（ “HTTP_PROXY”） [1]“http：// SERVER：PORT /”

Answer 1

感谢@zhanxw的评论，我又看了一下发生了什么，我意识到虽然正在访问代理服务器，但R使用了错误的端口。

原因如下：我在http_proxy的末尾有一个额外的转发，这（我假设）导致R错误地解析环境变量。 HTTP_PROXY = “HTTP：// [SERVER]：[PORT] /” 一旦我删除了正斜杠，它就可以正常工作。

以下是我发布的原始“解决方案”。

解决方法，但不是完整的解决方案：

options(download.file.method="wget")

这仍然无法解决原始问题：

源（ “http://bioconductor.org/biocLite.R”）文件错误（文件名，“r”，编码=编码）：无法打开连接

但它确实允许一种替代方法：

> install.packages("BiocInstaller", repos="http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc")--2014-05-14 16:08:18--  http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.14.2.tar.gz
Resolving SERVER... IP, IP, IP, ...
Connecting to SERVER|IP|:PORT... connected.
Proxy request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 14053 (14K) [application/x-gzip]
Saving to: '/var/folders/p1/5gstd7bn1hb1t8pd6b7bp5n00000gp/T//RtmpFm0GR3/downloaded_packages/BiocInstaller_1.14.2.tar.gz'

100%[=============================================>] 14,053      --.-K/s   in 0s

R 3.1.0安装Bioconductor软件包时遇到问题

问题

1 个答案: