Question

我想在表格中输入一些缺失数据，并在推算表格上运行Cox模型。

我可以在我的数据上运行估算，并且可以在推算数据上运行cox模型，但我不了解如何查看数据集中的cox输出，其中一些值是估算的（即我特别需要输出中的风险比和P值）。

命令是：

>library("mice")
>Table <-read.table("TestTable",stringsAsFactors=TRUE,header=TRUE)

然后我确保我的相关变量是因子（例如群组可以是0或1，以确保它们被视为不同的类别）。

> Table$Cohort <-as.factor(Table$Cohort)
> Table$Sex <-as.factor(Table$Sex)
> Table$Type <-as.factor(Table$Type)
> Table$Grade <-as.factor(Table$Grade)
> Table$Comorbidity <-as.factor(Table$Comorbidity)
> Table$SNP1 <-as.factor(Table$SNP1)
> Table$SNP2 <-as.factor(Table$SNP2)

然后我重新考虑这些因素，以便以后更容易解释Cox模型：

>Table$SNP1 <-relevel(Table$SNP1,"WT")
>Table$SNP2 <-relevel(Table$SNP2,"WT")
>Table$Grade <-relevel(Table$Grade,"1")
>Table$Comorbidity <-relevel(Table$Comorbidity,"1")

然后我估算了数据：polyreg用于具有两个以上级别的分类数据，logreg用于具有3个级别的因子。

imp <-mice(Table,maxit=5,seed=12345,me=c("","","","","","","","","","","","polyreg","polyreg","logreg","logreg"))

然后，我运行Cox模型以在推算数据集上运行：

library("survival")
Table$Survival <-as.numeric(Table$Survival)
cox_with_imp <- with(imp,coxph(Surv(Survival,Event)~strata(Cohort) + strata(Grade) + strata(Comorbidity) + factor(SNP1) + factor(SNP2)))

输出是5个cox模型分析。我在将信息汇集在一起时遇到了麻烦。当我键入＆＃34; pool（cox_with_imp）＆＃34;时，它会给我一些统计信息。但我想要一个＆＃34;汇集＆＃34;具有HR和P值的表格。

有人知道我输入的命令，将5个估算的Cox模型汇集到一个具有HR和P值的共识Cox模型中。

感谢。

Answer 1

您无法直接将这些p值组合起来获取有效的推论，因为在零假设下，这些p值是均匀分布的，Rubin的组合规则需要正态分布或t分布。

Answer 2

您可以编写自己的函数来获取HR，只需对回归系数求幂。

piet所说的似乎是正确的。无法获得p值，但您可以找到一个值，表示系数为0的概率。这由Pr（＆gt; | t |）列给出。有关此理论，请参阅van Burren第45页。

Cox模型后的估算数据组合

2 个答案: