如何从带有估算数据的Cox模型中获得基准危害估计?

时间:2019-05-23 10:07:46

标签: r imputation cox-regression r-mice

我正在做一个Cox模型。数据包含缺失值,因此我使用鼠标来估算缺失值。

首先,我进行了估算:

df <- read.table("File.txt")
p <- quickpred(df, minup = 0.5)
imp <- mice(df, m=5, pred=p)

然后,我做了我的Cox模型:

Cox <- with(imp, coxph(Surv(time = Month, event = die) ~ var1 + var2 + var3))

然后我将其合并:

u <- pool(Cox)
Coef <- u$pooled$estimate

但是要继续我的分析,我需要进行基线危害估计。

当我们有没有插补的数据时,很简单,我们可以使用:

baz <- basehaz(coxph object, centered = FALSE)

但是在这里,如果我尝试:

baz <- basehaz(Cox, centered = FALSE)

它不能用作Cox的mira对象。 实际上:

baz <- basehaz(u, centered = FALSE)

也不是很好。而且,对于不具备条件的清单对象,我认为没有基线危害估算,如果是这种情况,我真的道歉。

我试图找到方法,但没有找到。

我的问题很简单:

1)我们可以通过小鼠功能获得基线危害估计吗?如果可以,如何?

2)如果不能,是否有解决方案?您是否认为使用:

Com <- complete(imp, "long")

然后使这个简单数据框上的Cox模型可行并有意义吗?

谢谢!

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