在cytoscape中可视化clr网络

Question

有谁知道如何从生成clr网络到使用cystoscape很好地可视化网络？我使用minet包生成clr网络，如下所示：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("minet")
library(Rgraphviz)
library(minet)

data(syn.data)
mim <- build.mim(syn.data,estimator="spearman")
#net<-minet(syn.data,"mrnet","mi.shrink","equalwidth",10)
net <- clr( mim, skipDiagonal=1 )
graph <- as(net, "graphNEL")

上面的代码可视化我的rstudio中的网络，但我想从cytoscape有一个更好看的网络，我也可以灵活地着色节点。感谢

Answer 1

你有邻接矩阵，其中row.names和col名称是你的基因。然后，您应该将此矩阵文件转换为边缘列表文件：

graph_adj=as.data.frame(as.table(as.matrix(net)))
write.table(graph_adj, "graph_adj.txt", sep="\t")

现在你可以在excel中打开文件，编辑它，最后导入到cytoscape。