用ggplot2绘制k均值聚类

Question

我想知道如何使用ggplot2进行绘图。 bdata [，c（25:54）]是来自数据框的30列，其具有基因表达的值，每列是基因。

cl <- kmeans(t(bdata[,c(25:54)]), 3)
plot(t(bdata[,c(25:54)]), col = cl$cluster)
points(cl$centers, col = 1:3, pch = 8, cex=2)

如何使用ggplot2绘制kmeans簇，以获得与绘图函数相同的绘图？

Answer 1

所以，我不知道什么是bdata，但这里是虹膜数据帧的一个例子：

iris_clustered <- data.frame(iris, cluster=factor(km$cluster))
ggplot(iris_clustered, aes(x=Petal.Width, y=Sepal.Width, color=cluster, 
    shape=Species)) + geom_point()

所以这里有3个中心，因为我们知道数据集中有3个物种。对于绘图，我们希望聚类是一个因子而不是连续变量。

join

Image of resulting PCA