我在这里撕扯我的头发，希望有人可以帮助我。
运行snakemake 4.8.0
我有一个snakemake管道，我使用两个conda envs和--use-conda运行，它在作为独立管道运行时工作正常。
但是，当我在群集上运行时，我收到错误：
“'conda'命令在$ PATH中不可用。”
现在。 Anaconda安装在我们的集群上，但我们需要在节点上激活它：
module load anaconda
此外，模块被定义为一个函数，所以我先做了几件事。因此，在我的snakefile的顶部，我有：
shell.prefix("source $HOME/.bashrc; source /etc/profile; module load anaconda; )
这不能解决问题。
我甚至将module load anaconda放在我的.bashrc中，但仍然无效。仅在集群执行时，我收到有关未找到conda的错误。
我的.bashrc的其他更改被拾取并被snakemake接收，因此我不知道为什么它会出现问题。
我甚至创建了一个conda env，将snakemake和conda加载到该env中，在提交脚本和Snakefile中激活env：
shell.prefix("source $HOME/.bashrc; source /etc/profile; module load anaconda; source activate MAGpy-3.5; ")
而且仍然说“'conda'命令在$ PATH中不可用。”
直接撕掉我的头发。
顺便说一句，我使用qsub -S /bin/bash提交并使用shell.executable("/bin/bash")，但.snakemake中创建的临时shell脚本由/bin/sh运行 - 这是预期的吗？
请帮助我！
答案 0 :(得分：2)
我总是要使用：
set +u; {params.env}; set -u
（其中{params.env}正在从我的config.yaml加载一个conda命令）
在Snakefile的shell命令中调用conda环境时，因为Snakemake会自动使用set +u添加shell命令。
不确定这是否能解决您的问题，但值得一试？
答案 1 :(得分：0)
您可以提供自定义的“jobscript模板”，您试过吗？默认值如下所示：
#!/bin/sh
# properties = {properties}
{exec_job}
所以也许你的看起来像这样：
#!/bin/bash
# properties = {properties}
module add anaconda
{exec_job}
然后在运行snakemake时使用--jobscript参数引用此文件。
P.S。如果您查看代码，则{exec_job}会在没有任何python -m snakemake设置的情况下调用PATH来填充，我认为这会导致您看到的错误。
答案 2 :(得分：0)
module所做的通常只是修改PATH和其他环境变量。对于conda环境和source activate
例如，在我们的集群上，QIIME2安装在conda环境中，但其模块文件是
prepend-path PATH /opt/sw/qiime/2.2018.2/bin
prepend-path PYTHONPATH /opt/sw/qiime/2.2018.2/lib/python3.5/site-packages
而我们的conda模块文件是
prepend-path PATH /opt/sw/conda/3/bin
假设MAGpy-3.5是你的conda环境，你可以
（a）为你的MAGpy管道创建一个模块并加载它，忽略它是一个conda环境或
（b）使用修改后的PATH运行snakemake（我不知道snakemake如何处理环境变量）
（c）在.bashrc
中添加conda安装路径或MAGpy安装路径（b）和（c）都失败了模块系统IMO的目的，但我发现anaconda本身 多余的modulefiles。在我们的群集中，当我们使用anaconda安装某些软件时，我们永远不会让用户使用source activate加载它们，而是为那些人写modulefiles。
答案 3 :(得分：0)
我遇到了同样的问题，并通过将提交文件中的路径导出到（隐藏的）conda 目录来解决该问题，该目录通常位于您的主目录中。例如
export PATH=/home/yourusername:$PATH