Question

我在SGE集群上运行snakemake，并且提交作业涉及启动conda环境存在问题。作业开始，我收到消息“激活conda环境”。但是随后，它们将永远无所事事，并且没有错误消息。

envs在登录节点上被正确激活，所以我认为问题出在qsub。我尝试按照此处Using Conda enviroment in SnakeMake on SGE cluster problem的建议使用-V选项，但它似乎对我不起作用。

这是我用于提交的内容：

snakemake -j 2 --use-conda --cluster-config cluster.json --cluster "{cluster.qsub} -l virtual_free={cluster.ram},h_rt={cluster.time},disk={cluster.disk} -q {cluster.queue}" --keep-going --latency-wait 100

这些是我cluster.json文件中的配置：

{
  "__default__" :
  {
  "qsub" : "qsub -cwd -V -o logs/{rule}.{wildcards}.$$.out -e logs/{rule}.{wildcards}.$$.out",
  "ram" : "4G",
  "time" : "01:00:00",
  "disk" : "2G",
  "queue" : "short-sl7"
  }
}

重点是，不需要激活环境时，提交的作业可以正常工作。

有人有什么建议吗？

snakemake：SGE群集上未激活conda环境

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