如何在Python中读取SDF文件？

Question

我正在一个项目中，需要读取不同的SDF文件并比较其中的两组分子。问题是我似乎无法打开它们。我尝试使用Pybel和RDKit无效。

运行以下代码将返回：

from cinfony import pybel, rdk
from rdkit import Chem

suppl = Chem.SDMolSupplier('test.sdf')
mol = None
for mol in suppl:
    mol.GetNumAtoms()`

IOErrorTraceback（最近通话最近）  在（）中      11＃neighbor_coords = pybel.atom（neighbor）.coords      12 ---> 13 suppl = Chem.SDMolSupplier（'test.sdf'）      14摩尔=无      补充剂中的mol为15：

IOError：文件错误：输入文件test.sdf错误

如何正确加载文件？预先谢谢你。