dplyr在列范围内变异

时间:2018-07-26 23:11:27

标签: r dplyr

我想对数据框中的列范围进行操作。让我们说这个数据集是:

set.seed(15)
df <- data.frame(id=letters[1:10], matrix(runif(5*10), nrow=5)) %>% dplyr::rename(O6 = X7)

我想我要实现的目标很明显:

df %>% rowwise() %>% mutate(minval_X3_X8 = min(X3:X8))

即得到以下结果:

df %>% rowwise() %>% mutate(minval_X3_X8 = min(X3, X4, X5, O6, X7, X8))

我最初尝试使用X3:X8并没有给出任何错误消息,所以我想知道:
1.使用dplyr获得所需输出的最佳方法是什么(我从X3到X8列中获得最小值/最大值/平均值等值)
2.使用X3:X8

时我实际上得到了什么

非常感谢!

Ps。如果解决方案包括也可以这样做,那就太好了

df %>% rowwise() %>% mutate(minval_all_but_ex_rownames = min(-id))

4 个答案:

答案 0 :(得分:4)

dplyr::select可以使用X3:X7的范围符号,但不能使用其他功能。如果您可以在mutate以外的地方工作,请尝试以下操作:

df$minval_X3_X8 <- do.call(pmin, select(df, X3:X8))
df
#    id        X1        X2        X3        X4         X5        O6        X7        X8        X9       X10 minval_X3_X8
# 1   a 0.6021140 0.9888592 0.1046694 0.8417851 0.80372740 0.6590069 0.4985587 0.6578783 0.9152619 0.4291725   0.10466936
# 2   b 0.1950439 0.8151934 0.6461509 0.4474437 0.79334595 0.1069735 0.2567427 0.1215491 0.4574306 0.3302786   0.10697354
# 3   c 0.9664587 0.2539684 0.5090904 0.9646670 0.35756312 0.1483839 0.4916694 0.5159349 0.9210739 0.7528325   0.14838386
# 4   d 0.6509055 0.6872308 0.7066286 0.1411871 0.05800106 0.9277570 0.1174759 0.3016811 0.2591188 0.8438981   0.05800106
# 5   e 0.3670719 0.8314290 0.8623137 0.7767125 0.56574614 0.4763697 0.5128062 0.7603278 0.3437781 0.0108724   0.47636970
# 6   f 0.6021140 0.9888592 0.1046694 0.8417851 0.80372740 0.6590069 0.4985587 0.6578783 0.9152619 0.4291725   0.10466936
# 7   g 0.1950439 0.8151934 0.6461509 0.4474437 0.79334595 0.1069735 0.2567427 0.1215491 0.4574306 0.3302786   0.10697354
# 8   h 0.9664587 0.2539684 0.5090904 0.9646670 0.35756312 0.1483839 0.4916694 0.5159349 0.9210739 0.7528325   0.14838386
# 9   i 0.6509055 0.6872308 0.7066286 0.1411871 0.05800106 0.9277570 0.1174759 0.3016811 0.2591188 0.8438981   0.05800106
# 10  j 0.3670719 0.8314290 0.8623137 0.7767125 0.56574614 0.4763697 0.5128062 0.7603278 0.3437781 0.0108724   0.47636970

编辑:如@Moody_Mudskipper所建议,可以将其包含在mutate中:

df %>% mutate(minval_X3_X8 = do.call(pmin, select(., X3:X8)))
# same output as above

但是应谨慎使用,因为其使用不支持group数据的写入。我定期使用此下一种方法,以查看在group中(可选-mutate编辑)调用时我的函数“看到”的内容。这里的mymin函数绝对没有任何用处,只是提供了中间mutate浏览:

mymin <- function(...) { browser(); 1; }

示例:

df %>% rowwise() %>% mutate(minval_X3_X8 = do.call(mymin, select(., X3:X8)))
# Called from: (function (...) 
# {
#     browser()
#     1
# }) ...snip...
# Browse[1]> 
# debug at #1: [1] 1
# Browse[2]> 

如果我们看一下函数的参数,就会看到它提供了什么:

list(...)
# $X3
#  [1] 0.1046694 0.6461509 0.5090904 0.7066286 0.8623137 0.1046694 0.6461509 0.5090904 0.7066286
# [10] 0.8623137
# $X4
#  [1] 0.8417851 0.4474437 0.9646670 0.1411871 0.7767125 0.8417851 0.4474437 0.9646670 0.1411871
# [10] 0.7767125
# $X5
#  [1] 0.80372740 0.79334595 0.35756312 0.05800106 0.56574614 0.80372740 0.79334595 0.35756312
#  [9] 0.05800106 0.56574614
# $O6
#  [1] 0.6590069 0.1069735 0.1483839 0.9277570 0.4763697 0.6590069 0.1069735 0.1483839 0.9277570
# [10] 0.4763697
# $X7
#  [1] 0.4985587 0.2567427 0.4916694 0.1174759 0.5128062 0.4985587 0.2567427 0.4916694 0.1174759
# [10] 0.5128062
# $X8
#  [1] 0.6578783 0.1215491 0.5159349 0.3016811 0.7603278 0.6578783 0.1215491 0.5159349 0.3016811
# [10] 0.7603278

如果这荣幸地归功于rowwise分组,我本来希望看到这样的东西,它只代表一行数据:

lapply(list(...), `[`, 1)
# $X3
# [1] 0.1046694
# $X4
# [1] 0.8417851
# $X5
# [1] 0.8037274
# $O6
# [1] 0.6590069
# $X7
# [1] 0.4985587
# $X8
# [1] 0.6578783

答案 1 :(得分:4)

有了tidyverse,我们可以做到

1)reducepmin

library(tidyverse)
df %>%
  select(X3:X8) %>% 
  reduce(pmin) %>% 
  mutate(df, minval_X3_X8 = .)
# id        X1        X2        X3        X4         X5        X6        O6
#1   a 0.6021140 0.9888592 0.1046694 0.8417851 0.80372740 0.6590069 0.4985587
#2   b 0.1950439 0.8151934 0.6461509 0.4474437 0.79334595 0.1069735 0.2567427
#3   c 0.9664587 0.2539684 0.5090904 0.9646670 0.35756312 0.1483839 0.4916694
#4   d 0.6509055 0.6872308 0.7066286 0.1411871 0.05800106 0.9277570 0.1174759
#5   e 0.3670719 0.8314290 0.8623137 0.7767125 0.56574614 0.4763697 0.5128062
#6   f 0.6021140 0.9888592 0.1046694 0.8417851 0.80372740 0.6590069 0.4985587
#7   g 0.1950439 0.8151934 0.6461509 0.4474437 0.79334595 0.1069735 0.2567427
#8   h 0.9664587 0.2539684 0.5090904 0.9646670 0.35756312 0.1483839 0.4916694
#9   i 0.6509055 0.6872308 0.7066286 0.1411871 0.05800106 0.9277570 0.1174759
#10  j 0.3670719 0.8314290 0.8623137 0.7767125 0.56574614 0.4763697 0.5128062
#          X8        X9       X10 minval_X3_X8
#1  0.6578783 0.9152619 0.4291725   0.10466936
#2  0.1215491 0.4574306 0.3302786   0.10697354
#3  0.5159349 0.9210739 0.7528325   0.14838386
#4  0.3016811 0.2591188 0.8438981   0.05800106
#5  0.7603278 0.3437781 0.0108724   0.47636970
#6  0.6578783 0.9152619 0.4291725   0.10466936
#7  0.1215491 0.4574306 0.3302786   0.10697354
#8  0.5159349 0.9210739 0.7528325   0.14838386
#9  0.3016811 0.2591188 0.8438981   0.05800106
#10 0.7603278 0.3437781 0.0108724   0.47636970

2)或将列名称转换为符号并进行评估

df %>% 
   mutate(minval_X3_X8 = pmin(!!! rlang::syms(names(.)[3:8])))

答案 2 :(得分:3)

关于您的问题(1)问题中的代码的作用与以下内容相同:

df %>% rowwise() %>% mutate(minval_X3_X8 = min(X3))

或者只是

df %>% rowwise() %>% mutate(minval_X3_X8 = X3)

,下面的(1)中的问题(2),我们将对您的解决方案进行重新设计,使其能够正常工作,然后提供其他一些dplyr和基本解决方案。在下面的解决方案中,我们显示了minmax的结果。通过为meansd添加参数,可以很明显地将它们扩展为其他统计信息,例如medianmutatesummarize等。扩展aggregate函数。 请注意,下面所有的解决方案都可以与简单的minmax等配合使用,从而更容易扩展到其他统计信息。使用pmin的解决方案而不是min可能更难扩展,因为对于您想要的每个统计信息,可能都没有pmin的现成版本。

1)修改有问题的代码,要重做您的解决方案,我们可以使用do。在do中,点将指向当前组,在本例中为当前行,但是它将是一个列表,因此请转换回数据框。请注意,我们在{...}中使用了do,以防止{...}中的点将当前行引用为列表,而是引用了data.frame(.)

df %>% 
   rowwise %>% 
   do(as.data.frame(.) %>% { 
      subs <- select(., X3:X8)
      mutate(., Min = subs %>% min,
                Max = subs %>% max) 
      } ) %>%
   ungroup

给予:

# A tibble: 10 x 13
   id       X1    X2    X3    X4     X5    X6    O6    X8    X9    X10    Min   Max
 * <fct> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl>  <dbl> <dbl>
 1 a     0.602 0.989 0.105 0.842 0.804  0.659 0.499 0.658 0.915 0.429  0.105  0.842
 2 b     0.195 0.815 0.646 0.447 0.793  0.107 0.257 0.122 0.457 0.330  0.107  0.793
 3 c     0.966 0.254 0.509 0.965 0.358  0.148 0.492 0.516 0.921 0.753  0.148  0.965
 4 d     0.651 0.687 0.707 0.141 0.0580 0.928 0.117 0.302 0.259 0.844  0.0580 0.928
 5 e     0.367 0.831 0.862 0.777 0.566  0.476 0.513 0.760 0.344 0.0109 0.476  0.862
 6 f     0.602 0.989 0.105 0.842 0.804  0.659 0.499 0.658 0.915 0.429  0.105  0.842
 7 g     0.195 0.815 0.646 0.447 0.793  0.107 0.257 0.122 0.457 0.330  0.107  0.793
 8 h     0.966 0.254 0.509 0.965 0.358  0.148 0.492 0.516 0.921 0.753  0.148  0.965
 9 i     0.651 0.687 0.707 0.141 0.0580 0.928 0.117 0.302 0.259 0.844  0.0580 0.928
10 j     0.367 0.831 0.862 0.777 0.566  0.476 0.513 0.760 0.344 0.0109 0.476  0.862

2)申请使用apply

df %>% {
  Apply <- function(fun) select(., X3:X8) %>% apply(1, fun)
  mutate(., Min = Apply(min), Max = Apply(max))
}

2a)基本R 或仅使用基本R:

Apply <- function(fun) apply(subset(df, select = X3:X8), 1, fun)
transform(df, Min = Apply(min), Max = Apply(max))

3)dplyr / tidyr 另一种可能性是dplyr,其中tidyr将df整形为长格式,以长格式执行计算,然后重新加入df

library(dplyr)
library(tidyr)

df %>%
   left_join({
     gather(., key, value, -id) %>%
     filter(between(key, "X3", "X8")) %>%
     group_by(id) %>%
     summarize(Min = min(value), Max = max(value)) %>%
     ungroup
   })

3a)基数R (3)可以在R基数R中使用reshape创建长格式数据帧,subset将其简化为X3:X8并合并以执行联接。

long <- reshape(df, dir = "long", varying = list(names(df)[-1]), 
  times = names(df)[-1], v.names = "min")
subs <- subset(long, time >= "X3" & time <= "X8")
merge(df, aggregate(min ~ id, subs, function(x) c(Min = min(x), Max = max(x))))

4)dplyr / purrr (1)与(2)相似,除了我们使用purrr::pmap_dbl而不是apply

library(dplyr)
library(purrr)

df %>% {
  Pmap <- function(fun) select(., X3:X8) %>% pmap_dbl(~ fun(c(...)))
  mutate(., Min = Pmap(min), Max = Pmap(max))
}

更新

进行了一些改进并添加了其他解决方案。

答案 3 :(得分:2)

您还可以将purrr::maptranspose一起使用

df %>% mutate(minval_X3_X8 = map(transpose(select(., X3:X8)), ~min(as.numeric(.x))))
#id        X1        X2        X3        X4         X5        X6        O6
#1   a 0.6021140 0.9888592 0.1046694 0.8417851 0.80372740 0.6590069 0.4985587
#2   b 0.1950439 0.8151934 0.6461509 0.4474437 0.79334595 0.1069735 0.2567427
#3   c 0.9664587 0.2539684 0.5090904 0.9646670 0.35756312 0.1483839 0.4916694
#4   d 0.6509055 0.6872308 0.7066286 0.1411871 0.05800106 0.9277570 0.1174759
#5   e 0.3670719 0.8314290 0.8623137 0.7767125 0.56574614 0.4763697 0.5128062
#6   f 0.6021140 0.9888592 0.1046694 0.8417851 0.80372740 0.6590069 0.4985587
#7   g 0.1950439 0.8151934 0.6461509 0.4474437 0.79334595 0.1069735 0.2567427
#8   h 0.9664587 0.2539684 0.5090904 0.9646670 0.35756312 0.1483839 0.4916694
#9   i 0.6509055 0.6872308 0.7066286 0.1411871 0.05800106 0.9277570 0.1174759
#10  j 0.3670719 0.8314290 0.8623137 0.7767125 0.56574614 0.4763697 0.5128062
#       X8        X9       X10 minval_X3_X8
#1  0.6578783 0.9152619 0.4291725    0.1046694
#2  0.1215491 0.4574306 0.3302786    0.1069735
#3  0.5159349 0.9210739 0.7528325    0.1483839
#4  0.3016811 0.2591188 0.8438981   0.05800106
#5  0.7603278 0.3437781 0.0108724    0.4763697
#6  0.6578783 0.9152619 0.4291725    0.1046694
#7  0.1215491 0.4574306 0.3302786    0.1069735
#8  0.5159349 0.9210739 0.7528325    0.1483839
#9  0.3016811 0.2591188 0.8438981   0.05800106
#10 0.7603278 0.3437781 0.0108724    0.4763697