snakemake +奇异性,摆脱python依赖

时间:2019-02-27 09:19:48

标签: snakemake singularity-container

我有一个奇怪的问题:考虑容器化工作流的情况,其中整个工作流是使用单个奇异容器执行的。 这仍然需要python在系统上可用才能调用snakemake --use-singularity,对吗? 我怎样才能摆脱这种依赖呢?我可以在容器中安装python,snakemake和奇异性并执行

singularity exec my-container snakemake --use-singularity

使用集群配置安全吗?

编辑:似乎根本不起作用-我无法从另一个容器中获得具有奇异性的snakemake ...

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