循环遍历所有输入并创建不同的输出文件

Question

我在 Windows 7 上使用 cygwin 。我有一个包含大约1200个相同类型文件的文件夹（没有子目录）。我正在尝试浏览文件夹并对每个文件执行某个操作（它是生物信息对齐）。这是我正在使用的代码：

$ for file in Project/genomes_0208/*; do ./bowtie-build $file ../bowtie-0.12.7/indexes/abc; done

./bowtie - build是我想要执行的操作。现在，这确实完成了文件夹中所有文件的操作，但在这种情况下，它仍然将输出写入相同的文件 abc 。

所以最后我只有一个带有最新输出的文件。如何创建1200个不同的文件，每个文件对应一个输入？无论我将输出文件命名为什么，它都可以是任何东西，只要它们明显不同。

希望我成功地解释了这个问题，我很感激你的帮助！

Answer 1

怎么样：

./bowtie-build $file "${file}.out"

如果您的文件具有唯一的名称，则还应生成唯一的输出文件。