将NetLogo数据导出为包含节点和边的图

时间:2014-07-21 05:27:58

标签: netlogo gephi

我在NetLogo中的代理(海龟)之间创建了一些链接。此链接将在每个时间步骤更改。我的目标是将这些数据(即海龟和链接b / w)导出到顶点(海龟)边缘(链接)的图形,这可以作为Gephi的输入。当与Gephi链接时,是否可以看到图中netlogo中发生的变化。有人可以帮我吗。感谢。

3 个答案:

答案 0 :(得分:5)

要以Gephi可用的格式导出网络数据,我建议使用NetLogo nw:save-graphml中的NW Extension原语。这将生成GraphML file format中的文件,Gephi可以读取该文件。

我猜你可以在每个时间步重新保存您的网络并覆盖您的文件,但我不确定Gephi是否可以动态显示您的更改。根据您的网络规模,它可能会很慢。

答案 1 :(得分:2)

您是否尝试使用Gephi在NetLogo生成的不断变化的网络中查看网络随时间的变化情况?这就是@NicolasPayette的回答所暗示的,所以我会做出同样的假设。

Gephi可以显示"动态图表,即随时间变化的网络。我的理解是两种文件格式允许Gephi导入动态图形:GEXF,以及Gephi调用"Spreadsheet"的特殊CSV(逗号分隔)格式。 Nicolas提到了GraphML,这是一种非常好的网络数据格式,但它不能处理动态图。据我所知,NetLogo无法生成GEXF或Gephi" Spreadsheet"格式。

然而,Gephi Spreadsheet格式非常简单,编写一个以该格式写入文件的NetLogo程序并不困难。此过程会将新行写入"电子表格"每个NetLogo tick上的CSV文件。然后Gephi可以读入文件,你能够及时来回移动,看看图形如何变化。 (您可能需要使用一些试验和错误来弄清楚如何根据Gephi网站上的description编写电子表格文件。)

答案 2 :(得分:0)

另一个选择是使用graphstream协议在线显示演化图。 NetLogogephi的插件为此提供了支持。