pytables / HDF5稀疏矩阵乘法

时间:2019-09-14 18:17:37

标签: python matlab scipy h5py pytables

我使用的稀疏复数值矩阵最多为〜100000x100000,稀疏度最大为3%。我希望做诸如expm(-At)v,A \ v等之类的事情,其中​​v是任意向量。我使用了MATLAB,但是我认为这对于MATLAB的内存来说实在太多了。因此,我决定切换到Python HDF5 / Pytables。

但是,我无法在Python Pytables等中找到以HDF5样式进行稀疏矩阵乘法的模块。我不想在稀疏矩阵中的块上运行for循环,在这里您要从矩阵中借用一个块,然后将其与从向量中获取的适当块相乘,然后继续进行下一个块,而不存储完整的块, RAM中的巨大矩阵。 for循环似乎太耗时。

我的最终目标是将基于硬盘的乘法例程集成到scipy.sparse.linalg.expm_multiply等模块中,以计算如此庞大的稀疏矩阵的expm(-At)* v等。

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